ふるさと納税と医療費控除は併用できる？“ワンストップが無効になる”落とし穴と、確定申告での正しい順番をFP2級がやさしく解説

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今年は歯の治療に通ったり、家族が入院したり……。気づけば医療費の領収書が、レシート入れの中でちょっとした札束みたいになっていませんか（お金は減っているのに、かさだけは増えるという不思議）。

そんな年こそ気になるのが、「ふるさと納税と医療費控除、両方いっぺんに使えるの？」という疑問です。結論から言うと使えます。でも、ここで手続きの順番をまちがえると、せっかくのふるさと納税の控除がまるごと消えてしまうという、なかなか悲しい落とし穴があります。

この記事では、宅建士・FP2級の私が「併用の正しいやり方」と「やりがちな失敗」を、できるだけやさしく整理します。

結論：併用できる。ただし「ワンストップ特例」は使えなくなる

先に答えをまとめます。

• ふるさと納税と医療費控除は、同じ年に両方使えます。
• ただし医療費控除を受けるには確定申告が必要です（年末調整では受けられません）。
• そして確定申告をすると、ふるさと納税の「ワンストップ特例」の申請は無効になります。
• だから、確定申告書の中で、医療費控除といっしょにふるさと納税（寄附金控除）も申告し直すのが正解です。

総務省のふるさと納税ポータルサイトにも、確定申告を行った場合はワンストップ特例の申請が無効になるとはっきり書かれています。「自治体に申請書を送ったから大丈夫」ではないんですね。

そもそも医療費控除って、いくらから使えるの？

医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費が一定額を超えたとき、その分だけ所得から差し引ける制度です。計算式はこうです。

医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計 － 保険金などで補われた金額 － 10万円
※その年の総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく「総所得金額等の5%」が差し引かれます。
※控除額の上限は200万円です。

ポイントは2つあります。

1つめ。保険金や高額療養費で戻ってきたお金は差し引く必要があります。入院給付金が出た年は、思ったより控除額が伸びないことがあります。

2つめ。医療費控除は、生計を一つにしている家族の分をまとめて計算できます。自分ひとりでは10万円に届かなくても、配偶者や子ども、仕送りしている親の医療費まで合わせれば超えることがあります。合算したうえで、いちばん所得の高い人がまとめて申告すると、戻ってくる所得税が大きくなりやすいです。

市販薬だけで使える「セルフメディケーション税制」もある

病院にはほとんど行かなかったけれど、花粉症の薬や胃腸薬はけっこう買った……という人向けに、セルフメディケーション税制という特例もあります。対象の市販薬の購入額が年12,000円を超えた部分（上限88,000円）を所得から差し引ける仕組みです。

ただし通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、どちらか一方しか選べません。しかも申告後に「やっぱりもう一方に」という変更はできない決まりなので、両方の金額を計算して大きいほうを選びましょう。なおこの特例の適用期限は2026年12月31日までとされています（今後の税制改正で延長される可能性はあります）。

ワンストップ特例と確定申告、どっちを選ぶ？【比較表】

そもそもこの2つは何がちがうのか、並べてみます。

控除される合計額は、どちらを選んでもおおむね同じです。ちがうのは「どこから引かれるか」と「手続きの手間」だけ。医療費控除を受ける年は、迷わず確定申告に一本化しましょう。

ふるさと納税の基本的な流れがまだあいまいな方は、ふるさと納税のやり方を最初から解説した記事もあわせてどうぞ。ワンストップ特例そのものについてはワンストップ特例の申請方法の記事で詳しくまとめています。

併用するときの正しい手順4ステップ

むずかしそうに見えますが、やることは意外とシンプルです。

ステップ1：年内に、ふるさと納税と医療費の「両方」を把握する

12月31日が両方の締め切りです。ふるさと納税は12月31日までに決済が完了した分がその年の対象、医療費も12月31日までに支払った分が対象になります。「1月に払った分」は来年扱いです。

ステップ2：ワンストップ特例の申請は、しなくてOK（してしまってもOK）

確定申告をすると決めているなら、ワンストップ特例の申請書は出さなくてかまいません。すでに出してしまった場合も、取り消しの手続きは不要です。確定申告をすれば自動的に無効になります。

大事なのはそのあと。無効になるということは、確定申告書に書かなければ、ふるさと納税の控除はゼロになるということです。ここが最大の落とし穴です。

ステップ3：医療費の明細書とふるさと納税の証明書を用意する

医療費は、領収書そのものではなく「医療費控除の明細書」を作って提出します（領収書は自宅で5年間保管）。健康保険組合から届く「医療費のお知らせ」を使うと、明細の記入をかなり省けます。

ふるさと納税のほうは、自治体から届く「寄附金受領証明書」が必要です。ふるさと納税サイトによっては、1年分をまとめた「寄附金控除に関する証明書」を発行してくれるところもあり、これ1枚で済むので楽になります。

ステップ4：確定申告書に、医療費控除と寄附金控除を両方入れる

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、画面の案内どおりに入力するだけで両方が反映されます。入力が終わったら、申告書の「寄附金控除」の欄に金額が入っているか必ず目視で確認してください。ここが空欄のまま提出してしまう事故が、いちばん多いパターンです。

知らないと損する3つの注意点

1. 医療費控除を使うと、ふるさと納税の上限額は「少し下がる」

ふるさと納税で自己負担2,000円に収まる上限額は、住民税の所得割額をもとに決まります。医療費控除で所得が下がると、その分ふるさと納税の控除上限額も下がります。

つまり、上限ギリギリまで寄付していた人は、医療費控除を使ったことではみ出した分が自己負担になる可能性があります。医療費が多くかかりそうな年は、シミュレーションで医療費控除の見込み額も入力したうえで、上限より少し手前で止めておくのが安全です。上限額の考え方はふるさと納税の上限額の記事にまとめています。

2. 医療費が10万円に届かないなら、無理に確定申告しなくていい

医療費控除は10万円（または総所得金額等の5%）を超えた部分が対象です。届かないのに確定申告に切り替えると、手間が増えるだけで得はしません。その年はワンストップ特例のまま、そっとしておきましょう。「がんばったのに0円」は、なかなか切ないですからね。

3. 住宅ローン控除がある人は、順番に要注意

住宅ローン控除は所得税から直接差し引くタイプの控除なので、医療費控除と重なると「所得税がもう残っていない」状態になりやすく、ふるさと納税の所得税分が効きにくくなることがあります。3つが重なる年は、とくに控除上限額を控えめに見ておくと安心です。くわしくはふるさと納税と住宅ローン控除の併用記事をどうぞ。

ふるさと納税はまだ間に合う。上限を確認して早めに

ふるさと納税の締め切りは12月31日ですが、年末はサイトが混み合い、人気の返礼品は早々に品切れになります。医療費控除を使う予定がある年こそ、上限額を確かめながら秋のうちに少しずつ寄付しておくのがおすすめです。

「まずは上限額だけ知りたい」という方は、シミュレーターのあるふるさと納税サイトで試算してみてください。au PAY ふるさと納税は、寄付先を探しながら上限額の目安も確認できるサイトのひとつです。

まとめ

• ふるさと納税と医療費控除は併用できる。ただし医療費控除には確定申告が必要。
• 確定申告をするとワンストップ特例は無効になる。ふるさと納税も申告書に必ず書く。
• 医療費控除は「支払った医療費 － 保険金等 － 10万円」（総所得金額等200万円未満は5%）、上限200万円。
• 医療費は生計を一つにする家族の分をまとめられる。所得の高い人が申告するのが基本。
• 医療費控除で所得が下がるとふるさと納税の上限額も少し下がる。寄付は上限の手前で止める。
• 市販薬中心ならセルフメディケーション税制（12,000円超・上限88,000円）も検討。ただし選択制。

領収書の山は、正しく使えばちゃんと家計に返ってきます。今年の分はまだ間に合いますので、まずは手元の領収書を1か所に集めるところから始めてみてください。

※本記事は2026年9月時点の情報をもとに、制度の一般的な説明としてまとめたものです。控除額や適用の可否は個々の状況で異なります。具体的な判断が必要な場合は、お住まいの自治体・税務署・税理士にご確認ください。